荧光分子可以说是生物学研究中最经常使用的标记分子，它们作为探针标记目标分子，可用于监测其表达量及示踪。它们相对于放射性同位素更加安全和环保，相对于不发光的标记物如HRP或金属颗粒等更加灵敏。因而应用非常广泛。下面我们将从荧光的发光原理开始，简单介绍免疫荧光（IF）和流式细胞术（FCM）的应用。
荧光物质发光原理：光照射到某些原子时，光的能量使原子核周围的一些电子由原来的轨道跃迁到了能量更高的轨道，即从基态跃迁到第一激发单线态或第二激发单线态等。第一激发单线态或第二激发单线态等是不稳定的，瞬间将恢复基态，当电子由第一激发单线态恢复到基态时，能量会以光的形式释放，产生荧光。
每一种荧光物质都有其特定的激发光谱（Excitation）和发射光谱（Emission）。通常以相对强度为纵轴，以波长为横轴，这些吸收光谱和发射光谱有很好的对应关系。激发光谱是固定发射光的波长，测量激发光的波长（有时候也测波数或者频率等）与荧光强度之间的关系；发射光谱是固定激发波的波长，测定发射光强度与波长的关系。荧光物质的发射波长总是大于其激发波长。 两者的差值即为斯托克斯位移。
